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研究用メモ書き

「研究用メモ書き」(2011/12/29 (木) 13:48:50) の最新版変更点

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// 研究用メモ書き [[備忘録]]に戻る ---- #contents() ---- //======================================================================== *SCore7関係 **SCore7 Beta2の構築について [[SCore7 Beta2構築記録]] // **rootでもscout -gでセッションスタートできるようにするセキュリティ的には危険だが， /root/.rhosts に許可するノードを記述しておく。 # cat /root/.rhosts 192.168.0.254 192.168.0.1 192.168.0.2 192.168.0.3 192.168.0.4 192.168.0.5 192.168.0.6 192.168.0.7 192.168.0.8 192.168.0.9 今回構築したPCクラスタは研究室のネットワーク内にあり，研究室外から直接PCクラスタに接続できないので上記の設定を行った。 // **SCore7 Beta1とBeta2の違いについて [[公式ページ>>http://www.pccluster.org/index.html]]の[[更新履歴>>http://www-new.pccluster.org/downloads/score-7-beta2/RELEASE-NOTE.txt]]参照。自分が導入してみた上で発生した違いとか問題は， -Beta1がインストールされている状態でBeta2をインストールしようとすると競合が発生する（解決法は[[構築記録>>http://www11.atwiki.jp/foxeye/pages/36.html#id_af959c5f]]参照） -pmx_ethernet_loader.koのソース修正・再コンパイルが必要無い -xinetdの設定が変わった？詳しくは[[こちら>>http://www11.atwiki.jp/foxeye/pages/36.html#id_aa235204]]を参照 // **SCore7 Beta2でのHPLベンチマーク ***ATLASのインストール &b(){ダウンロード} [[公式ページ>>http://www.netlib.org/atlas/]]から落としてくる。今回はatlas3.6.0.tgzを使用している。 &b(){CONFIG} atlas3.6.0.tgzを解凍するとINSTALL.txt // ***HPLのインストール &b(){ダウンロード} &b(){設定} [[SCore7 Beta2でHPL]] // **SCore7 Beta2でのGAベンチマーク ***ga2k(ver1.4.2) &bold(){ダウンロード} [[同志社大学のページ>>http://mikilab.doshisha.ac.jp/dia/research/pdga/archives.html]]からソースをダウンロードしてくる。今回使用したファイルはga2k-1.4.2.tar.gzである。 &bold(){コンパイル} 上記のサイトに二通りのコンパイル方法が記述されているが，どちらの方法でもコンパイラエラーが発生するので修正する。 configureスクリプトを使用した場合は，MakefileのCXXの項目(76行目)を CXX = mpicxx とする。Makefile.linuxを使用している場合は，ファイル中のMPICCの項目(11行目)を MPICC = mpicxx とする。上記の修正を行ったあと， ./configure --enable-island-mpi make または， make -f Makefile.linux mpi でコンパイルを行うが，今度は [scoreuser@scoreheadnode ga2k-1.4.2]$ make -f Makefile.linux mpi mpicxx -o ga2k_mpi.o -c ga2k_mpi.cpp -Wall -O2 -funroll-loops /opt/score/7.Beta.2/mpi/mpich2/x86_64-rhel5-linux2_6_gnu/include/mpi.h:1110 から include されたファイル中, ga2k_mpi.cpp:58 から: /opt/score/7.Beta.2/mpi/mpich2/x86_64-rhel5-linux2_6_gnu/include/mpicxx.h:26:2: error: #error "SEEK_SET is #defined but must not be for the C++ binding of MPI" /opt/score/7.Beta.2/mpi/mpich2/x86_64-rhel5-linux2_6_gnu/include/mpicxx.h:30:2: error: #error "SEEK_CUR is #defined but must not be for the C++ binding of MPI" /opt/score/7.Beta.2/mpi/mpich2/x86_64-rhel5-linux2_6_gnu/include/mpicxx.h:35:2: error: #error "SEEK_END is #defined but must not be for the C++ binding of MPI" make: *** [ga2k_mpi.o] エラー 1 [scoreuser@scoreheadnode ga2k-1.4.2]$ とかエラーが出る。エラーを検索したところ下記のページがヒットした。 [[http://www.xlsoft.com/jp/products/intel/cluster/c_toolkit/ICT_FAQ_3.0.htm#_Toc149383962]] includeファイルの順番がおかしいために発生するようである。stdio.hとかiostreamの前にmpi.hを配置しなければならないらしい。そこで問題が起きているga2k_mpi.cppの58行目付近を修正する。includeファイルが #include <cstdio> #include <cstdlib> (中略) using namespace std; #include <mpi.h> #include "ga2k_mpi.h" #include "randring.h" のように並んでいるので，下3行を上に移動させる。 #include <mpi.h> #include "ga2k_mpi.h" #include "randring.h" #include <cstdio> #include <cstdlib> (中略) using namespace std; これでも，ga2k_mpi.hとga2k_main_mpi.cppで同様のエラーが発生する。これらもincludeファイルの順番を変える。まずga2k_mpi.hは， #include <vector> #include "ga2k.h" #include <mpi.h> と並んでいる分を， #include <mpi.h> #include "ga2k.h" #include <vector> と並び替える。mpi.hが一番最初になることに注意。ga2k_main_mpi.cppは， #include <iostream> (中略) using namespace std; #include "ga2k_mpi.h" と並んでいる分を， #include "ga2k_mpi.h" #include <iostream> (中略) using namespace std; と並び替える。 ---- //======================================================================== *Windows HPC Server 2008関係 **長期間(デフォルトでは180日以上)レプリケーションを行わなかった時のエラー対処 ---- //======================================================================== *iptablesで自分が使用したルールのメモ設定ファイルが保存される場所は /etc/sysconfig/iptables である。 **IPマスカレードがやりたい eth1が外部、eth0がプライベートネットワークに接続されているホストを通して，プライベートネットワーク上のホストから外部(インターネットとか)に接続させるときのルール。要はIPマスカレードがしたいとき。 iptables -t nat -A POSTROUTING -o eth1 -j MASQUERADE また，上記の設定を行っても /proc/sys/net/ipv4/ip_forward のファイルの値が0だとIPマスカレードを行ってくれないので， /etc/sysctl.conf の net.ipv4.ip_forward = 0 を1に設定する。その後， sysctl -p で設定を反映させる。参考にしたページ [[http://www.redhat.com/docs/manuals/enterprise/RHEL-4-Manual/ja/security-guide/s1-firewall-ipt-fwd.html]] // **NISサーバでiptablesを起動させたらクライアントからNISサーバに接続できなくなった portmapのポートが閉じられてしまうことが原因のようである。 iptables -A INPUT -p tcp -s! 192.168.0.0/24 --dport 111 -j DROP iptables -A INPUT -p tcp -s 127.0.0.1 --dport 111 -j ACCEPT とすればポートが開かれる。参考にしたページ [[http://www.redhat.com/docs/manuals/enterprise/RHEL-4-Manual/ja/security-guide/s1-server-port.html]] // ---- *NFS,DNS,NISサーバ・クライアントの設定で参考にしたページ NFS [[http://www.linux.or.jp/JF/JFdocs/NFS-HOWTO/index.html]] DNS [[http://www.miloweb.net/bind.html]] NIS [[http://www.linux.or.jp/JF/JFdocs/NIS-HOWTO/ypserv.html]] ---- //================================================================================ *解析についていろいろ **直接解法と間接解法 -直接解法 --ガウスの消去法 ---さすがに使わない --LU分解 ---メモリには余裕があるのでこれも選択肢に --コレスキー分解 ---条件を満たしてるならLU分解よりこっちを使う //------------- -間接解法 --ヤコビ法，ガウスザイデル法，SOR法 ---定常的な反復法。現在は主流ではないらしい --前処理付き共役勾配法 ---非定常的な反復法。現在の主流らしい。 //------------- 直接解法 // ---- *リニアインダクションモータ(LIM)について -リニア誘導モータともいう。 -誘導電動機の一種のリニアモータの一種。 -リニアモータの中でも駆動方式による分類でLIMに分けられている。LIMの他には以下のものがある。 --リニア同期モータ --リニア直流モータ --リニアステッピングモータ // *＊web上の資料 -参考になりそうな文献など --[[独立行政法人工業所有権情報・研修館の電磁リニアモータに関する資料>>http://www.ryutu.inpit.go.jp/chart/H17/denki35/left.htm]] -紹介・解説など --[[山梨リニアファンクラブ内のリニアモータの原理の説明>>http://www.pref.yamanashi.jp/linear/technology/technology_t.html]] ---簡単な原理図やガイドなど ---- // ---- #comment(,vsize=5)

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