第一話 - ポケットモンスタースペシャル～ダーク編～

「謎のポケモン」

カントーのレッド達、ジョウトのゴールド達、ホウエンのルビー達の戦いから半年
どの地方も落ち着きを取り戻してきた頃
それぞれの地方から遠く離れた地方で新たな「もの」が動き出していた
「完成したぞ・・・究極のポケモンが！」

カントー　マサラタウン

「最近、凶暴なポケモンが増えてきました、みなさんお出かけの最中には気をつけましょう」
レッド「凶暴なポケモンか・・・」
スカイ「怖いですね、トキワの森なんて行けませんよ」
カタカタッ
スカイ「ん、どうしたのハガネール？」