特撮TV番組『超時空スカイバード』(劇中劇)に登場する飛行メカニック・スカイバードに憧れる少年・大地(8)と、かつてスカイバードに憧れ、今は時空間転送の研究を続ける青年・一輝(22)。山に囲まれた高山村に住む二人の間には、スカイバードを通じた絆があった。
いつも、「スカイバードを作って、大きくなったら大地を乗せてやる」と言っていた父を数年前に亡くし、以来、言葉を発しなくなった大地――。そして、度重なる実験の失敗から、自分の研究の未来にわずかに疑問を抱く一輝――。
そんなある夜、一輝の実験の影響で空に次元ホールが開き、村に本物のスカイバードが飛来する。『スカイバード』の世界と次元が繋がってしまったのだ。同時に、『スカイバード』の世界で猛威を振るった巨大怪獣が村に出現し、人々の意識を奪い、次元ホールに戻っていった。
大地の母や、一輝の幼馴染の千絵、そして村の人々を救うには、スカイバードで次元ホールに突っ込んで、逃げ込んだ怪獣を倒すしかない!